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Jan 28, 2024

Bruker lança espectrômetro de massa timsTOF Ultra com sensibilidade transformadora

Por Heather Hall | 8 de junho de 2023 Na 71ª reunião da ASMS, Bruker Corporation

Por Heather Hall | 8 de junho de 2023

Na 71ª reunião da ASMS, a Bruker Corporation anunciou a sensibilidade transformadora na plataforma timsTOF 4D-Proteomics com o lançamento do novoespectrômetro de massa timsTOF Ultra . Ele incorpora uma nova fonte de íons Captive Spray Ionization (CSI) Ultra com capilar maior e fluxo de gás de vórtice otimizado, uma nova célula XR TIMS (separação de mobilidade de íons presos) de 4ª geração e um digitalizador de 14 bits. OtimsTOF Ultra pode identificar mais de 55K peptídeos que mapeiam em 5.000 grupos de proteínas no nível de célula única de carga de proteína de 0,125 ng, a 1% de FDR e mais de 4.800 grupos de proteínas quantificados em CVs de <20%. Essa sensibilidade inovadora e desempenho de quantificação abaixo do nível de carga de proteína de 1 ng definem um novo padrão. Sensibilidade incomparável, com a robustez comprovada da plataforma timsTOF e com ciclo de trabalho PASEF agora até 300 Hz para MS/MS, oferece melhorias significativas de desempenho para quantidades de amostras ultrabaixas, incluindo proteômica de célula única imparcial e lipidômica de célula única , proteômica espacial imparcial, imunopeptidomica, fosfoproteômica, análise de PTM e estudos de interação proteína-proteína (PPI).

"O fluxo de trabalho dia-PASEF de sensibilidade de célula única no timsTOF Ultra elevou nossa pesquisa de proteômica de tecido de baixa entrada a um novo nível. Usando um gradiente LC de nanofluxo de 20 minutos combinado com o método dia-PASEF otimizado de Bruker (janela 3 × 8) , agora podemos quantificar de forma reprodutível 1.500 - 2.000 proteínas de tecido FFPE de fígado de camundongo microdissecado a laser de apenas 1.500 µm2, regiões correspondentes a aproximadamente 1-2 hepatócitos", disse o Dr. Fabian Coscia, líder do grupo de Proteômica Espacial no Max Delbruck Center , Berlim.

Esses avanços do timsTOF Ultra foram alcançados sem comprometer a excelente robustez para proteômica de alto rendimento, por exemplo, em 50 amostras por dia (SPD), ou mesmo até 398 SPD, nem a maior confiança de identificação de <1% de peptídeo e <1 % FDRs de proteína (taxas de descoberta falsa), evitando a reatividade cruzada observada com métodos de reconhecimento imunológico direcionados.

"Para entender verdadeiramente os mecanismos celulares e as doenças, é crucial diferenciar entre os vários tipos de células. Embora a análise de célula única tenha mudado o jogo, enfrentamos obstáculos para maximizar seu potencial de rendimento e grupos de proteínas que podem ser analisados. Isso tornaria sentido biológico para detectar 6.000 ou mais proteínas em um experimento de célula única. O timsTOF Ultra superou essas barreiras, permitindo-nos explorar o proteoma de células individuais com velocidade e sensibilidade incomparáveis. Graças ao timsTOF Ultra, a análise de célula única alcançou novos patamares e estou animado para ver aonde esse avanço nos levará a seguir", disse o professor Dr. Karl Mechtler, chefe de proteômica do Centro de Inovação do Instituto de Pesquisa para Patologia Molecular (IMP), Instituto Gregor Mendel (GMI), e o Instituto de Biotecnologia Molecular da Academia Austríaca de Ciências (IMBA).

Bruker também apresentaVistaScanName software para sincronizar a rampa TIMS com a varredura quadrupolo para se beneficiar ainda mais das informações de mobilidade iônica em escala. Esta sofisticada rampa vinculada dinâmica suporta o novomedia-PASEFmodo, introduzido por Stefan Tenzer.

"Nosso laboratório concentra-se em métodos de proteômica quantitativa que requerem a mais alta sensibilidade e a mais alta extração de informações. Junto com Bruker, desenvolvemos o novo modo de aquisição de varredura PASEF de máxima informação dia (midia), que oferece sensibilidade de aquisição independente de dados (dia), enquanto transforma dados em espectros semelhantes a aquisição dependente de dados (dda). O potencial midia-PASEF para imunopeptidômica e fosfoproteômica é particularmente empolgante", disse o Dr. Stefan Tenzer, professor de Proteômica Quantitativa e chefe do MS Core Facility, Johannes Gutenberg University Mainz .

A Bruker licenciou exclusivamentemedia-PASEFda Johannes Gutenberg University Mainz e planeja lançar